Week 10: Genome Engineering

What about this week on Genome Engineering?

John Glass from J. Craig Venter Institute.

Evolution of genome synthesis

1.Blight, K. J., A. A. Kolykhalov and C. M. Rice (2000). "Efficient initiation of HCV RNA replication in cell culture." Science 290(5498): 1972-1974. 2.Smith, H. O., C. A. Hutchison, 3rd, C. Pfannkoch and J. C. Venter (2003). "Generating a synthetic genome by whole genome assembly: phiX174 bacteriophage from synthetic oligonucleotides." Proc Natl Acad Sci U S A 100(26): 15440-15445 3.Gibson, D. G., J. I. Glass, C. Lartigue, V. N. Noskov, R. Y. Chuang, M. A. Algire, G. A. Benders, M. G. Montague, L. Ma, M. M. Moodie, C. Merryman, S. Vashee, R. Krishnakumar, N. Assad-Garcia, C. Andrews-Pfannkoch, E. A. Denisova, L. Young, Z. Q. Qi, T. H. Segall-Shapiro, C. H. Calvey, P. P. Parmar, C. A. Hutchison, 3rd, H. O. Smith and J. C. Venter (2010). "Creation of a bacterial cell controlled by a chemically synthesized genome." Science 329(5987): 52-56. 4.Annaluru, N., H. Muller, L. A. Mitchell, S. Ramalingam, G. Stracquadanio, S. M. Richardson, J. S. Dymond, Z. Kuang, L. Z. Scheifele, E. M. Cooper, Y. Cai, K. Zeller, N. Agmon, J. S. Han, M. Hadjithomas, J. Tullman, K. Caravelli, K. Cirelli, Z. Guo, V. London, A. Yeluru, S. Murugan, K. Kandavelou, N. Agier, G. Fischer, K. Yang, J. A. Martin, M. Bilgel, P. Bohutski, K. M. Boulier, B. J. Capaldo, J. Chang, K. Charoen, W. J. Choi, P. Deng, J. E. DiCarlo, J. Doong, J. Dunn, J. I. Feinberg, C. Fernandez, C. E. Floria, D. Gladowski, P. Hadidi, I. Ishizuka, J. Jabbari, C. Y. Lau, P. A. Lee, S. Li, D. Lin, M. E. Linder, J. Ling, J. Liu, J. Liu, M. London, H. Ma, J. Mao, J. E. McDade, A. McMillan, A. M. Moore, W. C. Oh, Y. Ouyang, R. Patel, M. Paul, L. C. Paulsen, J. Qiu, A. Rhee, M. G. Rubashkin, I. Y. Soh, N. E. Sotuyo, V. Srinivas, A. Suarez, A. Wong, R. Wong, W. R. Xie, Y. Xu, A. T. Yu, R. Koszul, J. S. Bader, J. D. Boeke and S. Chandrasegaran (2014). "Total synthesis of a functional designer eukaryotic chromosome." Science 344(6179): 55-58. 5.Ostrov, N., M. Landon, M. Guell, G. Kuznetsov, J. Teramoto, N. Cervantes, M. Zhou, K. Singh, M. G. Napolitano, M. Moosburner, E. Shrock, B. W. Pruitt, N. Conway, D. B. Goodman, C. L. Gardner, G. Tyree, A. Gonzales, B. L. Wanner, J. E. Norville, M. J. Lajoie and G. M. Church (2016). "Design, synthesis, and testing toward a 57-codon genome." Science 353(6301): 819-822. 6.Logsdon, G. A., C. W. Gambogi, M. A. Liskovykh, E. J. Barrey, V. Larionov, K. H. Miga, P. Heun and B. E. Black (2019). "Human Artificial Chromosomes that Bypass Centromeric DNA." Cell 178(3): 624-639 e619. 7.Xie, X., K. G. Lokugamage, X. Zhang, M. N. Vu, A. E. Muruato, V. D. Menachery and P. Y. Shi (2021). "Engineering SARS-CoV-2 using a reverse genetic system." Nat Protoc 16(3): 1761-1784.